Taxonomía molecular y filogenia de especies de trichuris parásitas de hospedadores vertebrados

Abstract

El principal objetivo de la presente Tesis Doctoral ha sido llevar a cabo un estudio taxonómico y filogenético de diferentes especies del género Trichuris parásitas de distintos hospedadores, principalmente primates no humanos (PNH), junto con otros hospedadores vertebrados, de diferentes parques zoológicos de España. Los resultados obtenidos aportarán nuevos datos de este género para clarificar la taxonomía actual y las relaciones filogenéticas de este grupo de parásitos y para su lucha y control. El desarrollo de la presente Tesis Doctoral se ha llevado a cabo en varias etapas: 1. Recogida de muestras: Para ello se recogieron muestras de heces de distintos hospedadores de diferentes parques zoológicos de España: primates, camellos, puercoespines, etc. 2. Estudio morfológico y biométrico clásico: Para llevar a cabo la determinación taxonómica por procedimientos clásicos. Se realizó un estudio morfo-biométrico inicial basándonos en los parámetros más característicos citados por distintos autores de las poblaciones de Trichuris de adultos obtenidas. 3. Estudio mediante morfometría geométrica: Para analizar si es una herramienta útil en la identificación y diferenciación de las diferentes especies de Trichuris analizadas. 4. Estudio molecular: taxonómico y filogenético. El estudio molecular de las distintas especies del género Trichuris se realizó en varias etapas: extracción de ADN; amplificación mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de diferentes marcadores moleculares; purificación del productor de PCR; cuantificación del ADN; y secuenciación. Todo ello con el fin de estudiar diferentes marcadores moleculares ribosómicos, mitocondriales y del genoma mitocondrial completo de las distintas especies objeto de estudio. Una vez obtenidas las secuencias se alinearon y analizaron filogenéticamente basándonos en tres parámetros fundamentales: - La variabilidad interespecífica de las secuencias - La variabilidad interpoblacional - La variabilidad intrapoblacional 5. Análisis mediante la técnica MALDI-TOF MS de un gran número de muestras pertenecientes a distintas especies del género Trichuris procedentes de distintos hospedadores vertebrados. Los resultados obtenidos nos permitieron crear una base de datos interna con los espectros de referencia para cada una de las especies analizadas, con el fin de identificarlas y clasificarlas.

The main objective of this Doctoral Thesis has been to carry out a taxonomic and phylogenetic study of different parasites species of the genus Trichuris from different hosts, mainly non-human primates (NHP), together with other vertebrate hosts from different zoological gardens from Spain. The results obtained will provided new data on this genus to clarify the current taxonomy and phylogenetic relationships of this parasite group and for its fight and control. The development of this Doctoral Thesis has been carried out in several stages: 1. Collection of samples: For this purpose, stool samples were collected from different hosts form different zoological gardens from Spain: primates, camels, porcupines, etc. 2. Classic morphological and biometric study: To carry out the taxonomic determination by classical procedures. An initial morpho-biometric study was carried out of the adult Trichuris population obtained based on the most characteristic parameters cited by different authors. 3. Study using geometrical morphometrics: To analyze if it is a useful tool in the identification and differentiation of the different species of Trichuris analyzed. 4. Molecular study: taxonomic and phylogenetic. The molecular study of the different species of the genus Trichuris was carried out in several stages: DNA extraction; amplification of different molecular markers by polymerase chain reaction (PCR); purification of the PCR product; DNA quantification; and sequencing. All this in order to study different ribosomal and mitochondrial molecular markers and the complete mitochondrial genome of the different species under study. Once the sequences were obtained, they were aligned and phylogenetically analyzed based on three fundamental parameters: - The interspecific variability of the sequences - Interpopulation variability - Intrapopulation variability 5. Analysis using the MALDI-TOF MS technique of many samples belonging to different species of the genus Trichuris from different vertebrate hosts. The results obtained allowed us to create an internal database with the reference spectra for each species analyzed, in order to identify and classify them.