Predicción de mapas de distancias de proteínas basada en vecinos más cercanos

Abstract

La predicción de la estructura terciaria de las proteínas consiste en determinar la conformación tridimensional de las mismas únicamente a partir de su secuencia de aminoácidos. En este trabajo se propone un método basado en ensamblaje de fragmentos de proteínas por similitud físico-química, que puede aprovechar la información extraída de estructuras conocidas de proteínas. Muchos métodos de predicción de estructura terciaria de proteínas producen un mapa de contactos. El método que se propone produce un mapa de distancias, el cual provee más información sobre la estructura de una proteína que un mapa de contactos. Muchas aproximaciones en la literatura han utilizado propiedades físico-químicas de aminoácidos para la predicción de la estructura, generalmente la hidrofobicidad, la polaridad y la carga. En nuestro m´etodo se han utilizado tres propiedades físico-químicas de aminoácidos distintas, obtenidas de diferentes trabajos de la literatura. Se han realizado predicciones sobre todas las proteínas de cápsides de virus publicadas hasta Mayo de 2011 en Protein Data Bank con máxima identidad del 30% (67 proteínas). Se ha obtenido una precisión del 76% y una sensibilidad del 78% con 8 angstroms de cut-o y mínima separación en la secuencia de 7 aminoácidos. Los resultados conseguidos mejoran notablemente, con las proteínas estudiadas, los resultados de otras propuestas.