Microbiología y Parasitología (Datos de Investigación)
URI permanente para esta colecciónhttps://hdl.handle.net/11441/170177
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Conjunto de Datos Dataset of Can preconditioning enhance the ecophysiological performance of a halophyte? Heat priming and PGPB inoculation in Atriplex portulacoides(2026-07-09) Valle Romero, Pedro; Martín Peláez, María Rocío; Flores Duarte, Noris J.; Redondo Gómez, Susana; Rodríguez Llorente, Ignacio David; Pajuelo Domínguez, Eloísa; Mateos Naranjo, Enrique; Biología Vegetal y Ecología; Microbiología y Parasitología; Valle Romero, Pedro; Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MICIU). España; RNM035: Ecología Funcional AplicadaEste experimento se engloba en los proyectos: “Hacia un marco general, basado en rasgos, para estudiar la forma y función de las halófitas: adaptación, plasticidad fenotípica y papel de la microbiota (PID2024-160601NB-I00)” y “Análisis de la contribución de las bacterias endófitas a los mecanismos de tolerancia de las halófitas frente a la salinidad y el cambio climático (PID2021-124750NB-I00)”. En este trabajo concreto se evaluó la respuesta fisiológica de la halófita Atriplex portulacoides bajo condiciones de estrés salino extremo, habiéndolas sometido previamente a un preacondicionamiento con altas temperaturas, e inoculación con bacterias endófitas PGPB. Por ello, en el dataset se incluyen datos de crecimiento (biomasa aérea, biomasa de raíz y altura). Además, se incluyeron datos de análisis de intercambio de gases mediante mediciones con LI-COR 6800, con CO2 a 400 ppm, y se midieron diferentes parámetros (tasa fotosintética neta, AN; concentración de CO₂ intercelular, Ci; conductancia estomática, gsw; eficiencia intrínseca en el uso del agua, iWUE; tasa de carboxilación, Ce; eficiencia cuántica del PSII, phiPSII; tasa de transporte de electrones, ETR; eficiencia cuántica del uso de luz para la asimilación de CO₂, phiCO₂). Por otro lado, también se analizaron curvas AN/Ci para la determinación de parámetros como la tasa máxima de carboxilación de la rubisco, Vcmax; la conductancia del mesófilo, gm; y la tasa máxima de transporte de electrones, Jmax. Con estos parámetros, se obtuvieron las limitaciones fotosintéticas: limitación estomática (SL), limitación de conductancia del mesófilo (MCL) y limitación bioquímica (BL). Además, se midió la eficiencia máxima del fotosistema II (PSII) (Fv/Fm) mediante el fluorímetro, y con ello se determinó la fotoinhibición dinámica y crónica. También se midieron parámetros OJIP de fluorescencia de la clorofila con el fluorpen, para obtener los siguientes parámetros: la densidad de centros de reacción activos por sección transversal (RC/CS), la absorción total de luz por sección transversal (ABS/CS), la eficiencia cuántica máxima del PSII (phi_P0), el flujo de energía atrapada por sección transversal (TR/CS), la probabilidad de transferencia de electrones más allá de QA- (psi_0), el rendimiento cuántico del transporte de electrones (phi_E0), el flujo de transporte de electrones por sección transversal (ET/CS), el flujo de energía disipada de forma no fotoquímica (DI/CS), el índice de rendimiento del PSII (PI_ABS), y el índice de rendimiento total que incorpora ambos fotosistemas (PI_total). Por último, se evaluaron los pigmentos fotosintéticos: Chl a, Chl b, b-caroteno, trans-luteína, auroxantina, trans-zeaxantina, neoxantina, violaxantina, aurocromo, y el estado de deepoxidación (DES).Conjunto de Datos Dataset of Soil physicochemical traits and environmental context shape the efficacy of a halophyte-derived plant growth-promoting bacterial biofertilizer(2026-01-21) Romano Rodríguez, Elena; Martín Peláez, María Rocío; Valle Romero, Pedro; Redondo Gómez, Susana; Flores Duarte, Noris J.; Campuzano, Alfonso; Pajuelo Domínguez, Eloísa; Rodríguez Llorente, Ignacio David; Mateos Naranjo, Enrique; Biología Vegetal y Ecología; Microbiología y Parasitología; Mateos Naranjo, Enrique; Ministerio de Ciencia e Innovación (MICIN). España; Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MICIU). España; RNM035: Ecología Funcional Aplicada; BIO181: Fitomicrobiomas Como Herramientas BiotecnológicasEste experimento se engloba en el proyecto “Análisis de la contribución de las bacterias endófitas a los mecanismos de tolerancia de las halófitas frente a la salinidad y el cambio climático (PID2021-124750NB-I00)”. En este estudio se evaluó cómo las propiedades del suelo y la variabilidad ambiental modulan los efectos beneficiosos de un inóculo de PGPB halofíticas, compuesto por cepas autocompatibles y tolerantes al estrés con múltiples características promotoras del crecimiento, sobre la productividad de los cultivos. Con este fin, se diseñaron dos enfoques experimentales en los que plantas de Beta vulgaris fueron sometidas a dos tratamientos de inoculación (no inoculadas e inoculadas) y cultivadas en dos suelos con propiedades fisicoquímicas contrastantes, tanto bajo condiciones controladas de invernadero como de campo, respectivamente. Por ello, en el dataset se incluyen datos de crecimiento (biomasa aérea LDMC, biomasa de raíz, RDMC; altura, Ph y superficie fotosintética). Además, se incluyeron datos de análisis de intercambio de gases y fluorescencia de la clorofila mediante mediciones con un analizador de gases por infrarrojo con fluorímetro incorporado, LI-COR 6800 (tasa fotosintética neta, AN; concentración de CO₂ intercelular, Ci; conductancia estomática, gs; tasa de carboxilación, Ce; eficiencia cuántica del PSII, phiPSII; tasa de transporte de electrones, ETR; eficiencia cuántica del uso de luz para la asimilación de CO₂, phiCO₂). También se midió la eficiencia máxima del fotosistema II (PSII) (Fv/Fm), quenching no fotoquímico (NPQ) y el índice de desempeño total, (PITotal) mediante el fluorímetro. Por último, al final del experimento se cuantificó la concentración de Ca, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P y la relación C/N en tejidos vegetales (raíces y hojas).
Conjunto de Datos Dataset of Experimental data on sequence variability in Salmonella(2025-06-22) Fernández Fernández, Rocío; Gutiérrez Pozo, Gabriel; Piubeli, Francine; Garmendia, Junkal; Beuzón, Carmen R.; Sánchez Romero, María Antonia; Microbiología y Parasitología; Genética; Sánchez Romero, María Antonia; Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MICIU). EspañaThis dataset was generated as a part of a study investigating the mechanisms of bacterial adaptation, with particular emphasis on sequence variability within promoter regions of surface-related genes in Salmonella. The work focused on the opvAB operon, whose transcription is epigenetically regulated through Dam-mediated methylation of GATCs sites and OxyR binding, and plays a key role in Salmonella adaptation under selective pressures such as bacteriophages presence. The dataset, which combines bioinformatic analyses with laboratory experiments, is organized into several files: • BLASTn results: .xlsx file containing alignment information obtained from BLASTn searches using the regulatory sequences (RS) and coding sequences (CDS) of surface-related and housekeeping genes from Salmonella. • G+C content analysis: .dna file containing the sequence of the opvAB operon along with 1.5 kb of upstream and downstream flanking regions. This file enables the identification of the opvAB-containing sequence potentially acquired through horizontal gene transfer by assessing differences in G+C content when compared to the characteristic composition of the Salmonella genome. • Prevalence of opvAB in the genus Salmonella: .xlsx file quantifying the presence of the opvAB operon in Salmonella genomes available in the NCBI database, organized by species (green) and subspecies (purple). • Analysis of regulatory elements diversity across Salmonella enterica subspecies: .xlsx files detailing the conservation of the opvAB promoter's regulatory elements (-35 and -10 boxes, four GATCs and four OxyR Binding Sites [OBSs]) across the enterica, arizonae, diarizonae and salamae subspecies. • Nucleotide composition of OBSs across Salmonella enterica subspecies: .xlsx file showing the percentage of adenine (A), guanine (G), cytosine (C), and thymine (T) nucleotides for each OxyR binding site (OBSs) across the enterica, arizonae, diarizonae and salamae subspecies. • Analysis of mutational distribution within the opvAB regulatory region: .xlsx file reporting the location of mutations in the opvAB promoter across Salmonella enterica subsp. enterica genomes containing up to eight mutations, as well as in environmental strains isolated from poultry farms. Sequence variations are annotated using a numerical code: 0=conserved position, 1=substitution, 2=insertion, and 3=deletion. • Flow Cytometry Data: .lmd files and an associated .xlsx file showing the percentage of cells expressing the opvAB operon (OpvABON).Conjunto de Datos Dataset of Salicornia ramosissima Cu (0-1000 ppm) x salt (0-10-60 g/L) x bacteria(2025-09-17) Mesa Marín, Jennifer; Redondo Gómez, Susana; Rodríguez Llorente, Ignacio David; Pajuelo Domínguez, Eloísa; Mateos Naranjo, Enrique; Microbiología y Parasitología; Biología Vegetal y Ecología; Mesa Marín, Jennifer; Mesa Marín, Jennifer; Mesa Marín, Jennifer; Mateos Naranjo, Enrique; Junta de Andalucía; European Union (UE); Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MICIU). España; Agencia Estatal de Investigación. España; BIO181: Fitomicrobiomas Como Herramientas Biotecnológicas; RNM035: Ecología Funcional AplicadaData of growth (weight, height and water content), photosynthesis parameters (fluorescence (Fv/Fm), stomatal conductance (gs), intercellular CO2 concentration (Ci), net photosynthetic rate (AN) and instantaneous water use efficiency (iWUE)) and nutrient content in the halophyte Salicornia ramosissima, after an experimental design with three different variables in factorial combination: two copper concentrations (0 and 1000 ppm), three NaCl concentrations (0 g L-1, 10 g L-1, 60 g L-1) and five inoculants (non-inoculated and four combinations of PGPR strains) (n = 300, 30 treatments with 10 plants per treatment).