Inferencia de Redes de Asociación de Genes Guiada por Similitud Semántica

Abstract

En este trabajo se propone el uso de conocimiento a priori como heurística en métodos de inferencia de redes de genes a partir de datos de expresión obtenidos con tecnología de Microarray. Utilizamos Gene Ontology [15] como fuente de conocimiento a priori. Este repositorio se nutre de la información de anotaciones de relaciones en el material genético basadas en evidencias científicas. En este trabajo se propone el uso de medidas de similitud semántica, de manera más concreta la medida SimGIC en un método de inferencia basado en regresión. La propuesta se compara frente al mismo método sin integración de información y frente a otros métodos clásicos obteniendo mejoras y resultados comparables en otros casos.