Godoy López, José AntonioBazzicalupo, Enrico2025-06-032025-06-032025-02-27Bazzicalupo, E. (2025). Genomics of divergence, gene flow and selection in the genus Lynx. (Tesis Doctoral Inédita). Universidad de Sevilla, Sevilla.https://hdl.handle.net/11441/173876La diferenciación genética entre especies y poblaciones resulta de la interacción de fuerzas evolutivas como la deriva genética y la selección divergente, que promueven la divergencia, y el flujo génico, que la contrarresta. En esta tesis, analizamos secuencias de genomas completos de varios individuos de lince Eurasiático e Ibérico para entender cómo estas fuerzas modelan la historia evolutiva de estas poblaciones silvestres, examinando las implicaciones de nuestros resultados para su taxonomía y conservación. El primer capítulo presenta el primer análisis de genoma completo de dos poblaciones de lince Eurasiático: el lince Balcánico, en peligro crítico de extinción, y el lince Caucásico, previamente no muestreado, que reside en un posible refugio glacial. Se evalúan tanto las divergencias mitocondriales como autosómicas para entender sus relaciones con otras poblaciones. Evaluamos el estado genético de estas poblaciones en términos de tamaño efectivo de la población, diversidad genética y consanguinidad, y sacamos conclusiones sobre su estatus taxonómico y de conservación. El segundo capítulo investiga las adaptaciones locales a las condiciones ambientales en el rango de distribución del lince Eurasiático. Al escanear los genomas de múltiples individuos de diferentes poblaciones, identificamos ventanas genómicas que responden a las presiones selectivas impuestas por el ambiente, y destacamos qué condiciones ambientales específicas están impulsando la adaptación, junto con los genes asociados. Se comparan las divergencias genéticas adaptativas y neutrales, y se reconstruye la composición genética adaptativa en respuesta a variables ambientales clave a lo largo del rango de la especie. Estos hallazgos se discuten en el contexto de la taxonomía y biología de la conservación del lince Eurasiático. El tercer capítulo explora el flujo génico interespecífico mediante el análisis de patrones de introgresión entre el lince Ibérico y el Eurasiático. Usando un enfoque novedoso basado en redes neuronales convolucionales profundas, identificamos ventanas genómicas que muestran señales de introgresión en tres poblaciones distintas de linces. Basándonos en los patrones de introgresión detectados, discutimos la historia demográfica de las poblaciones remanentes junto con su relación con la población localmente extinta que habitaba la zona híbrida entre las dos especies. Además, se identifican las áreas del genoma más propensas a exhibir introgresión y se analizan las consecuencias de la introgresión sobre la diversidad genética de las poblaciones receptoras. En conjunto, estos capítulos ofrecen un análisis completo de las fuerzas genéticas que modelan las poblaciones de lince Eurasiático e Ibérico, proporcionando valiosas perspectivas sobre sus historias evolutivas, procesos adaptativos y necesidades de conservación.application/pdf167 p.engAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccess