Rodríguez-Baño, JesúsLópez Hernández, Inmaculada2024-10-102024-10-102024-07-10Maldonado Lizarazo, N.A. (2024). Contribución de los factores microbiológicos de Escherichia coli a la presentación como sepsis/shock séptico y a la mortalidad en pacientes con bacteriemia (Proyecto PROBAC Ec). (Tesis Doctoral Inédita). Universidad de Sevilla, Sevilla.https://hdl.handle.net/11441/163455Escherichia coli es común en bacteriemias y un tercio de los pacientes desarrollan sepsis/shock séptico. El primer objetivo es caracterizar los factores microbiológicos de E. coli de pacientes con bacteriemia y presentación como sepsis/shock séptico. El segundo y tercer objetivo buscan determinar la contribución de dichos factores a la mortalidad y a la presentación como sepsis/shock séptico. Para el primer objetivo se realizó un estudio transversal con los aislados de 224 pacientes con bacteriemia por E. coli que presentaron sepsis o shock séptico (Sepsis-3). Para el segundo se realizó un estudio de cohorte prospectiva con la misma población del primer objetivo. Para el tercero se realizó un estudio de casos (pacientes con sepsis) y controles (pacientes sin sepsis) apareados por servicio, sexo, edad, índice de Charlson, adquisición y foco de la bacteriemia y tratamiento empírico activo. Se secuenció el genoma completo de los aislados de E. coli por la plataforma MiSeq de Illumina Inc., y el ensamblado por CLC Genomic WorkBench. El grupo filogenético se determinó en plataforma ClermonTyping, y el secuenciotipo, serotipo, tipo de fimH, genes de virulencia, resistencia a antibióticos y replicones de plásmidos en el sitio web del Centro de Epidemiología Genómica. Las secuencias de profagos se analizaron en PHASTER y las islas de patogenicidad (PAI) en PAI-DB. Para el primer objetivo, se comparó la distribución de los factores microbiológicos de E. coli entre los filogrupos, grupos (grupo 1: filogrupos B2, F y G; grupo 2: A, B1 y C; grupo 3: D), y clones, por la prueba de ?² o exacta de Fisher, y las variables continuas por la prueba de Mann-Whitney. Para los objetivos dos y tres se construyeron modelos multivariantes por regresión logística binomial y logística condicional, respectivamente; y se determinó su capacidad predictiva con el área bajo la curva ROC. Encontramos que, en pacientes con bacteriemia por E. coli y presentación como sepsis/shock séptico, la mayoría de aislados pertenecieron a los filogrupos B2 y D. El grupo 1 presentó mayor acumulación de genes de virulencia y PAI frente a los grupos 2 y 3, sin diferencias en genes de resistencia a antibióticos. Predominaron cuatro clones de E. coli: ST131, ST73, ST69 y ST95. Los clones ST73 y ST95 presentaron puntuaciones de virulencia más altas que ST131 y ST69, con diferencias en los perfiles de virulencia, prevalencia de PAI y genes de resistencia a antibióticos. Por otro lado, un tercio de los pacientes con bacteriemia por E. coli y presentación como sepsis/shock séptico fallecieron al día 30. La edad avanzada, un índice de comorbilidad elevado, así como el clon ST95 y los genes de virulencia eilA y astA, se asociaron con un mayor riesgo de mortalidad, mientras que el tratamiento empírico activo y el foco urinario de la bacteriemia se mostraron como factores protectores. Finalmente, en el análisis exploratorio en pacientes con bacteriemia por E. coli, el clon ST69, la presencia del gen pic y la resistencia a cefuroxima se asociaron de forma independiente a una mayor probabilidad de presentación como sepsis/shock séptico, mientras que los genes fdeC y papC resultaron factores protectores de una respuesta desregulada a la infección. Podemos concluir que en pacientes con bacteriemia por E. coli y presentación como sepsis/shock séptico, los genes de virulencia, PAI y resistencia a antibióticos no se distribuyen aleatoriamente entre filogrupos o clones. En esta población, los factores clínicos tienen un mayor peso en la mortalidad que los bacterianos; sin embargo, la permanencia de los genes astA y eilA y especialmente del clon ST95 en el modelo predictivo final merece ser objeto de análisis adicionales. Por último, en pacientes con bacteriemia por E. coli, el análisis exploratorio muestra que algunos factores microbiológicos tienen un papel en el desarrollo de una respuesta desregulada a la infección, lo que constituye una línea de base para futuros proyectos.application/pdf186 p.spaAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccess