Vinardell González, José MaríaAcosta Jurado, SebastiánFuentes Romero, Francisco2025-06-042025-06-042025-02-14Fuentes Romero, F. (2025). Impacto de nuevos elementos regulatorios en la simbiosis Sinorhizobium fredii HH103-Leguminosa. (Tesis Doctoral Inédita). Universidad de Sevilla, Sevilla.https://hdl.handle.net/11441/173912El genoma de Sinorhizobium fredii HH103, una bacteria fijadora de nitrógeno que establece simbiosis con una amplia gama de leguminosas incluyendo la soja, se actualizó en esta Tesis doctoral utilizando la tecnología de secuenciación PacBio Sequel II. Esta actualización permitió cerrar las brechas que existían en la secuencia del plásmido simbiótico (plásmido d) debido a la presencia de secuencias repetitivas. Además, se proporcionó una anotación completa del genoma que incluye la localización de los sitios de inicio y de terminación de la transcripción, lo que permitió delimitar con mayor precisión los marcos transcripcionales e identificar nuevos genes y elementos reguladores, incluyendo sRNAs. Para la identificación de los sitios de inicio de la transcripción se utilizó la técnica Cappable-seq. Se extrajo RNA de la cepa S. fredii HH103 cultivada en 15 condiciones diferentes, incluyendo medios de cultivo completos (TY) y mínimos (MM), presencia de genisteína, estrés salino, estrés osmótico, estrés oxidativo, deficiencia de carbono, deficiencia de nitrógeno, shock térmico y diferentes valores de pH. Estas condiciones se seleccionaron para poder detectar la mayor cantidad posible de sitios de inicio de la transcripción. Las lecturas generadas por la secuenciación se mapearon en el genoma de S. fredii HH103 y se identificaron un total de 8948 sitios de inicio de la transcripción. Para la identificación de los sitios de terminación de la transcripción se empleó la técnica Term-seq. Utilizando los mismos pools de RNA que para Cappable-seq, se identificaron un total de 9667 sitios de terminación de la transcripción. La información obtenida mediante Cappable-seq y Term-seq permitió la delimitación de sRNAs. Uno de los sRNAs identificados, llamado F6, se encontró altamente expresado en bacteroides de Glycyrrhiza uralensis y se localiza en el plásmido simbiótico. La expresión de F6 se induce en presencia de genisteína de forma dependiente del regulador NodD1. Mediante la técnica RACE se confirmó que F6 tiene una longitud de 287 nucleótidos. La deleción de F6 en S. fredii HH103 resultó en una disminución del número y tamaño de los nódulos en la soja, lo que sugiere su papel en la simbiosis. Otro gen investigado en esta Tesis fue SFHH103_03749, que codifica un regulador transcripcional de la familia TetR. La mutación de este gen provocó un aumento en la producción de exopolisacáridos y afectó negativamente a la simbiosis con la soja. En resumen, la actualización del genoma de S. fredii HH103 y la identificación de nuevos elementos reguladores como F6 y SFHH103_03749 han ampliado la comprensión de la compleja red de regulación transcripcional y postranscripcional que opera durante la simbiosis entre esta bacteria y las leguminosas. Esta información es valiosa para el desarrollo de biofertilizantes más eficientes y sostenibles.application/pdf408 p.spaAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccess